<?xml version=¥"1.0¥" encoding=¥"<$MTPublishCharset$>¥" ?>

などと記述するとエラーがでてページが表示されなくなります。原因はxml宣言がphpのショートハンドと同様の形式のせいでphpと勘違いされてしまう事によるものだと分かりました。

WEBFACTORY ::: BLOG: PHPのショートタグとXML宣言

回避するためには

<?php echo '<?xml version="1.0"'; ?>

と、phpのPrint命令でxml宣言を書き出すか、.htaccessファイルに以下の一行を追加すれば解決。

php_flag short_open_tag off

最初は上記を検討したのですが、やっぱりものすごく面倒くさいのでショートハンドをオフにすることにしました。とても簡単で良い方法ですね。